A módosult adószabályok között nehezen észrevehető, de a vállalkozások számára áfa- és cash-flow-szempontból annál lényegesebb változás az áfa-visszaigénylés határidejének meghosszabbítását kimondó rendelkezés. Éberséget azért igényelt a módosítás, mert egyrészt a befektetési alapkezelőkről és a kollektív befektetési formákról szóló törvény módosította az adózás rendjéről szóló törvényt, másrészt azért, mert a jogszabályt  2011. december 29-én hirdették ki. A változás lényege, hogy a korábbi 30 vagy 45 nap helyett csak 75 napon belül köteles kiutalni az adóhatóság a visszaigényelt áfát. Lehetőség van azonban a korábbi, rövidebb határidőt választani, ha a teljes levonásba helyezett összeg kizárólag már kiegyenlített számlákon alapul.

A jogalkotó súlyos joghátrányt helyez kilátásba arra az esetre, ha valaki téves nyilatkozatot tenne áfabevallásában a számlák kifizetettségéről: az adózóknak fokozott figyelemmel kell eljárniuk, ha a rövidebb határidőre szeretnének jogosulttá válni. A jogkövetkezmény azért tűnik súlyosnak a szokásos mulasztási bírsághoz képest, mert itt a bírság összegét a visszaigényelt adó öt százalékában korlátozza a törvény − ha ez csekély értékű lenne, akkor a jól bevált félmillió a felső határ.

A rendelkezés céljának megértéséhez vissza kell nyúlni az Európai Bíróság tavaly augusztusi ítéletéhez, amelyben a bíróság megállapította, hogy a közösségi joggal ellentétes a magyar áfatörvény azon bekezdése, amely kizárja az áfa visszatérítését olyan beszerzések esetében, amelyek ellenértékét az áfa-visszaigénylő adóalany maradéktalanul nem térítette meg. A bíróság igazi kifogása az volt, hogy a rendelkezés időbeli korlát nélküli.
Az Országgyűlés 2011. szeptember 19-én eltörölte a kifogásolt rendelkezést. A másnap esedékes áfabevallásban tehát az adózók már a kifizetettségre tekintet nélkül igényelték vissza az áfát. Ez az állapot azonban csak január 31-éig fog tartani, amikor is hatályba lép a kormány tartalmi válasza az uniós bírósági ítéletre. Eszerint ha nincs valamennyi, a az összes levonásba helyezett számla maradéktalanul kiegyenlítve, akkor a visszatérítési határidő 30, félmillió forint alatt 45 nappal meghosszabbodik. Ezzel a rendelkezéssel feltehetőleg a kormány eleget tesz a bíróság ítéletének, hiszen kétségtelen, hogy a levonási jog gyakorlásának halasztását konkrét határidők közé tudta szorítani. Ez a jogi szabályozás a legtöbb adózónak még mindig jóval kedvezőbb, mint a korábbi állapot.